农业水价综合改革，就是通过建立合理的农业水价形成机制、科学的水费计收机制，调动农民参与农田水利建设和管理的积极性，从而建立起工程良性运行、农民用水户积极参与、工程良性运行与农民合理收益相统一的良性运行机制。

　　农业水价综合改革是一项系统工程，是一个由供水到销售的完整过程。农业水价综合改革涉及农民用水权益、水权制度建设、终端水价形成机制等多个方面。因此，在改革过程中，只有在各环节做到“精准施策”，才能保证改革取得实效。

　　当前农业水价综合改革工作推进过程中还存在一些困难和问题，主要表现在以下几个方面：

　　一、农业水价形成机制有待进一步完善

　　由于受历史条件、社会经济发展水平等因素的影响，农业水价普遍偏低。加之水利工程供水价格改革滞后，水价形成机制不够完善，农民在农业水价的调整上没有主动权。同时，农业用水需求刚性增长，农业用水持续增加，农业用水总量控制和定额管理的任务依然很重，水资源的稀缺性更加突出。

　　二、农民用水者协会作用发挥不足

　　农民用水者协会是由农民自愿组成的群众性自治组织，在基层水利服务体系中发挥着重要的作用。但是由于我国农村税费改革后，农民负担加重，再加上基层水利服务体系不健全，造成了农民用水者协会缺乏必要的经费保障，加上目前国家对农村水利投入的减少以及农民负担的加重，造成了农民用水者协会运行经费不足、组织不健全等问题。农民用水者协会与灌区管理单位的矛盾也逐渐凸显。实践证明，基层水利服务体系与管理单位之间存在着不协调的关系。很多基层水利服务体系还存在着不健全、不完善、人员不稳定、管理人员缺乏等问题，导致了农村水利服务体系管理体制和运行机制难以有效地运转起来。

　　三、工程管护经费严重不足

　　虽然《指导意见》中明确指出，“要按照补偿成本、合理收益、公平负担的原则，合理确定水利工程产权归属和工程管理体制”，但由于没有明确界定农田水利工程产权归属和工程管理体制，使得工程所有权和使用权的界定及明晰工作无法开展。由于没有明确产权归属，农田水利工程管护主体不清晰，管护责任难以落实，使得工程设施无人管理。尤其是小型农田水利工程设施建设运行维护资金缺乏，难以正常运行。同时，小型农田水利设施维修养护资金来源不稳定、维修养护资金不足、维修养护技术力量薄弱等问题日益突出，影响了小型农田水利工程运行效率和效益发挥。

　　四、水价改革的政策和技术支撑体系不完善

　　一是缺乏农业水价形成机制的顶层设计，缺乏与之相适应的农业水价形成机制和配套政策，水价管理制度不完善，农民用水组织建立难;二是缺乏农业节水技术支撑体系，严重影响了节水工程建设与管理;三是缺乏完善的农业水价综合改革技术支撑体系，为开展精准计量、智能监测等工作带来很大的困难。

　　五、水价改革需要与其他改革协同推进

　　当前农业水价改革仍处于起步阶段，无论是工程设施的配套完善，还是终端水价的制定，都需要与其他方面改革协同推进。目前，许多地方将农业水价综合改革与精准扶贫、美丽乡村建设等结合起来，发挥了较好的效果。